Für die Bearbeitung der Flyer Adobe InDesign sofern es denn zur Verfügung steht. Photoshop und
Gimp sind keine Layout-Programme sondern in erster Linie für Bildbearbeitung vorgesehen. Im "Notfall" ließe sich damit jedoch auch etwas entwerfen/gestalten/bearbeiten.
Wenn du den Flyer bei einer PR-Agentur in Auftrag gegeben hast, sollten die zumindest auf die Nutzungsrechte des Bildmaterials geachtet haben. Problematisch kann eine Neuauflauge des Flyers werden, wenn beispielsweise Stockfotos für die erste Version verwendet wurden. In der Regel hast du da unterschiedliche Lizenzen die jeweils unterschiedliche Auflagehöhen abdecken.
Was die Herausgabe der offenen Daten angeht: Bei uns in der Agentur ist es üblich, sich von externen Dienstleistern die offenen Dateien geben zu lassen, damit in der Grafik ggf. auch selbst kleinere Aktualisierungen vorgenommen werden können. Da gab es auch noch nie Probleme - wohl auch, weil der Druck auf dem Markt heutzutage so groß ist, dass man keinen Kunden verlieren möchte.
Für Layoutänderungen würde ich sowas (sofern das Budget da ist) immer ins Layout/ in die Reinzeichnung geben.
VG